Og mens Frodo og Sam finner veien gjennom fiendens endeløse, skrinne land, konspirerer onde makter om å ta makten i Midgard. Den svikefulle trollmannen Sarumann avler fram en hær av Uruk-Hai - en kraftigere og villere rase av orker. Saruman har søkt sammen med den Onde Fyrst Sauron, som selv er i ferd med å skape seg sin onde hær. Tittelen; To tårn, henspeiler på alliansen mellom disse to erkeuslingene.
Sarumanns plan er å knuse kongedømmet Rohan ved hjelp av sine krigerske Uruk-Hai. Med Rohan på kne kan den Onde Fyrst Sauron slippe sine styrker løs på den eneste andre lommen av motstand: Gondor.
Det er menneskekrigeren Aragorns ansvar å forene disse to mannerikene i felles motstand. Aragorn er arving til Mannetronen. Der "To tårn" begynner er Aragorn, samt alve-bueskytteren Legolas og dvergekrigeren Gimli i skarp forfølgelse av en tropp Uruk-Hai. Orkene har bortført hobbitene Munti og Pippin (Billy Boyd) i den tro at de er Frodo og Sam, bærerne av Ringen. Får urukene avlevert Munti og Pippin til Saruman vil han straks skjønne at de ikke har ringen, og så ta livet av dem.
Frodo og Sam bakster seg videre inn i finendes skumle land i Mordor der de forsøker å finne den riktige veien til stedet der ringen må ødelegges for å ikke havne i hendene på den Onde Fyrst Sauron. Verden står klar for krig da de to tårnene med Sauron og Saruman har planer om å ta over makten i verden sammen. Vi følger Aragorn, Gimli og Legolas i deres kamp for å frigi Hobbitene Pippin og Merry fra Orcene og Urukhai som hadde tatt dem til fange. De tre krigerne finner seg også snart midt i kampen for å redde Rohan da over 10 000 av Sarumans soldater marsjerer for å knuse dem. Kampen for verden er i gang...