Etter å ha overvunnet erkefienden The Shredder, har de heltemodige skilpaddene sklidd fra hverandre. Splinter, rotteinstruktøren deres, sliter med å holde dem sammen og blir bekymret når merkelige ting begynner å finne sted i New York. Teknoindustrialisten Maximillian J. Winters samler en hær med eldgamle monstere, og det er bare et team med superninjaer som kan stoppe dem - Leonardo, Michelangelo, Donatello og Raphael! Med hjelp fra sine gamle allierte April O'Neil og Casey Jones, står ninjaskilpaddene foran sitt livs kamp når de igjen må slåss mot den mystiske Fotklanen, som stiller sine egne ninjaferdigheter bak Winters' planer om herredømme.