Det å være konge er ikke for alle - særlig ikke om du er et troll som lukter som den grunne enden av en myr. Da Shrek giftet seg med Fiona, var det å styre landet Langt Langt Borte det siste han ville, men når svigerfaren hans, Kong Harald, plutselig dør, får Shrek straks en krone på hodet. Nå blir den motvillige monarken, hvis han da ikke kan finne en passende erstatter, tvunget til å ta tronen for resten av sine dager.
Shrek lever som vikar for Kongen Harald som er syk. Han og Fiona tar på seg ansvaret for å representere kongehuset. Men Shrek er ikke komfortabel i denne rollen og ønsker seg bare hjem til den trygge gode sumpen sin der han kan leve sitt liv i fred og fordragelighet med sin Fiona som andre troll gjør. Kongen Harald er blitt svært svak og før han dør tar han seg en prat med den nærmeste familien og der kommer det fram at han vil at Shrek skal bli konge, men det vil ikke Shrek og han spør Kongen om det ikke er noen andre muligheter og da kommer det fram at det er en annen arving til tronen ved navn Arthur. Shrek drar ut på en reise sammen med Katten med støvlene og Eselet for å finne Arthur slik at han slipper å bli konge. I det han drar sier Fiona at hun er gravid og Shrek skal bli far. Det er en tilværelse han ikke er helt klar for og reisen blir en forsonende tid for Shrek. Mens Shrek er borte er Drømmeprinsen i ferd med å ta over kongedømmet. Han vil ta sin hevn for at ikke han ble Konge slik han hadde i drømmen sin. Nå er det bare opp til Shrek og gjengen å redde kongedømmet og ikke minst familien, men reisen blir lengre enn de først fryktet og det er mer enn Shrek som får kalde føtter her...