Neo. Trinity. Morpheus. De og andre helter står på randen til seier eller tilintetgjørelse i den episke krigen mot maskinene i det overveldende siste kapittelet av Matrix-trilogien. For Neo betyr det å reise dit intet menneske har våget seg - inn i hjertet av Machine City og inn i en verdensomveltende konfrontasjon med det mange ganger sterkere forræderprogrammet Smith. For forfatter-regissørene; Wachowski-brødrene, og produsent Joel Silver, betyr det å stige enda høyere og overgå den utrolige visuelle oppfinnsomheten fra de to første filmene. Revolusjonen er nå: The Matrix Revolutions.
Maskinene begynner å stramme grepet om menneskeheten. Neo er sett på som frelseren som skal vinne krigen mot de kalde maskinene. Han forsøker å dra til maskinbyen der ingen menneske har vært. Imens forsøker menneskene å holde fortet fra bølgen av maskinkrigere som stormer mot deres by Zion fra alle kanter. Dette blir et oppgjør de ikke har råd til å tape selv om alt ser veldig mørkt ut...