Den sosialt utstøtte tenåringen Peter bruker dagene til å finne ut av mysteriet angående sin fortid, og til å vinne hjertet til ungdomsforelskelsen sin, Gwen Stacy. En mystisk dokumentmappe som tilhørte faren, som forlot ham da han var barn, fører Peter til farens tidligere samarbeidspartner, Dr. Connors. Oppdagelsen av farens hemmelighet vil til slutt forme hans skjebne for å bli "Spider-Man", og stille ham ansikt til ansikt med Connors' grusomme alter ego, The Lizard.
Peter Parker er en utstøtt elev på videregående, forlatt av sine foreldre som liten, nå boende med sin onkel og tante i New York. Peter prøver som alle andre ungdommer å finne utav hvem han er samtidig som han opplever sin første forelskelse i Gwen Stacy fra skolen. Han sliter dog også med å forstå foreldrenes forsvinning, noe som etter hvert fører han til forskningsselskapet Oscorp og laboratoriet til Dr. Curt Connors, farens tidligere samarbeidspartner. Etter å ha blitt bitt av en spesiell type edderkopp blir plutselig Dr. Connors Parkers, nå også Spider-Mans, største fiende og trussel.