I undervannsbyen Atlantis er alt fryd og gammen. Men på jorden skjer det mystiske ting som ser ut til å påvirke livet på havets bunn. Før Atlantis eksperten Milo vet ordet av det blir både han og Kida dratt inn i nye og spennende eventyr!
Sammen med sine venner begir Milo seg ut på en reise til Nordsjøen der det redselsfulle udyret Kraken skremmer alle sjøfarere. I en fiskelandsby møter de folk som trolig vet mer enn de tørr å fortelle... Så finner de spor fra Atlantis i en liten by midt i ørkenen. Har den skumle forretningsmannen noe med dette å gjøre? Er det han som står bak de mystiske sandstormene som feier over ørkenen? Like mystisk er innbruddet hjemme hos professor Witmore. Det er noen som har stjålet det urgamle nordiske spydet, som kan føre til Ragnarok - jordens undergang, dersom det havner i gale hender. Klarer gjengen som reddet Atlantis å redde hele jorden også?