Man har valgt å isolere tomatene siden deres forrige angrep på USA. Tomatene er nå ulovelig i landet, men unge folk er begynt å smugle tomater inn i landet igjen. De røde tomatene blir solgt til blodpriser på svartebørs. Den onde forskeren Gangreen driver på med et eksperiment med genspleising. Han liker å eksprementere med tomater og det var han som stod bak de forrige fryktede drapstomatene. Nå har han forsøkt å forbedre dem slik at de ikke kan utkjempes av noe så enkelt som musikk. Han har nå klart å få tomater omformet til mennesker og med dem har han tenkt å ta over verden. Forskeren har skapt den perfekte damen Tara Boumdeay ut av en tomat. Men en dag rømmer tomatdamen sammen med en mutert tomat. Forskeren blir irritert og vil ha henne tilbake. Hun har slått seg sammen med pizzabakeren Chad Finletter som er svær forelsket i henne. Han bor sammen med kameraten sin Matt Stevens og sammen må de forsøke å stoppe den onde professoren og hans skumle plan...