Utgangspunktet er det pikante og livsfarlige trekantdrama mellom den schizofrene Kong Christian VII, hans meget charmerende livlige Johan Struensee og den unge, men svært så sterke Dronning Caroline Mathilde. Med dette blir "Den Kongelige Affære" den gripende fortellingen om et forbudt lidenskapelig kjærlighetsforhold mellom livlegen og Dronningen, men også et drama om modige idealister som riskikerer alt får å skape en bedre hverdag for folket. Vi følger den vanskelige balansegangen med å hemmeligholde kjærlighetsforholdet for det vært så nysgjerrige hoffet og å tekkes en gong som i det øyeblikket er svært syk og svag for i nest øyeblikk å være full av hat og et grenseløst raseri.