Vi skal inn i fremtiden til år 2517. Etter at jorden ble brukt opp, fant man et nytt solsystem, og hundrevis av nye planeter ble dyrket opp og kolonisert. De sentrale planetene dannet Alliansen, og bestemte at alle planetene skulle styres av dem. Det ble det krig av. Etter krigen dro mange Frihetskjempere som hadde kjempet og tapt ut til ytterkanten av systemet, langt unna Alliansens kontroll. Der kjemper folk for å klare seg med grunnlegende teknologi. Et skip kunne gi deg jobb og våpen kunne hjelpe deg å beholde det. En kapteins mål var enkelt: Finn et manskap, finn en jobb og fortsett å fly. Her følger vi Kaptein Mal Reynolds og hans mannskap ombord på romskipet Serenity. Under et oppdrag finner de den unge jenten River i lasten. De blir omtalt av Allieansen som et skip av klassen Firefly med mulig stjålet gods om bord. Alliansen leter etter jenten River, da hennes hjerne skal være så spesiell og viktig for Alliansegjengen, men Kaptein Mal Reynolds vil ikke gi henne fra seg sånn helt uten videre...