En maskinistlærling (Keanu Reeves) som har arbeidet med et banebrytende forskningsprosjekt, befinner seg plutselig midt i en flom av hemmelige, statlige dekkoperasjoner, høyteknologisk spionasje og mord. Eddie Kasalivich (Reeves) og Lily Sinclair (Rachel Weisz) er en del av et forskerteam som har utviklet en ny og revolusjonerende energikilde. Men de rekker knapt å feire sin triumf før laboratoriet blir smadret og lederen deres drept. Utropt som hovedmistenkte, går det raskt opp for Eddie og Lily at deres eneste håp e ren mektig og mystisk byråkrat (Morgan Freeman), som kanskje - eller kanskje ikke - er på deres side.