Den dedikerte Pokémon-professoren Spencer Hale prøver å løse gåten rundt en rar rase av «pocket monsters» som går under navnet «Unown". De har kropper som er formet som bokstaver i alfabetet, og kan gjøre om folks fantasier til virkelighet. Men da professoren forsvinner på mystisk vis - på samme måte som hans kone to år tidligere - sender «Unown» en pokémon i Spencer Hales skikkelse for å passe på professorens unge datter, Molly.